Kehittämisyhdistys Kalakukko ry:n ylintä päätösvaltaa käyttää sen jäsenistö vuosikokouksissa, joissa valitaan mm. yhdistyksen hallitus. Hallituksen kokoonpanossa noudatetaan kolmikantaperiaatetta, eli hallituksen jäsenet edustavat tasapuolisesti maaseudun asukkaita, kuntia, yrityksiä ja yhdistyksiä.
Hallitukseen jäseneksi tai varajäseneksi voidaan valita yhdistyksen henkilöjäsen tai
yhteisöjäsenen edustaja. Hallituksen toimikausi alkaa vuosikokouksen valinnan jälkeen. Hallituksen jäsenen ja puheenjohtajan toimikausi on kolme vuotta. Henkilö, joka on ollut hallituksen jäsenenä ja
varajäsenenä kolme perättäistä vuotta, voidaan kuitenkin valita puheenjohtajaksi tämän jälkeen siten, että perättäisten toimintavuosien määrä on enintään 6 vuotta.
Hallituksessa on edustus jokaisesta Kalakukko-alueen kunnasta ja Kuopioon liittyneistä alueista (Juankoski, Kaavi, Karttula, Kuopio, Maaninka, Nilsiä, Rautavaara, Siilinjärvi, Tuusniemi, Vehmersalmi).
Hallitus vastaa hallinnosta ja taloudesta yhdistyksen varojen osalta. Muina tehtävinä ovat rahoitettavien hankkeiden valinta sekä tulosten seuranta hankkeista saatavien tietojen ja omien arviointien perusteella. Lisäksi hallituksen jäsenet tiedottavat toiminnasta omille sidosryhmilleen sekä ovat mahdollisuuksien mukaan mukana aktivoimassa toimijoita.
Hallituksen jäsenelle maksetaan kokouspalkkiona 90 € /kokous. Hallituksen puheenjohtajalle maksetaan 120 € /kokous sekä vuosipalkkiona 1500 € /v. Matkakulut korvataan valtion matkustussäännön mukaan.
