Kehittämisyhdistys Kalakukko ry:n ylintä päätösvaltaa käyttää sen jäsenistö vuosikokouksissa, joissa valitaan mm. yhdistyksen hallitus. Hallituksen kokoonpanossa noudatetaan kolmikantaperiaatetta, eli hallituksen jäsenet edustavat tasapuolisesti maaseudun asukkaita, kuntia, yrityksiä ja yhdistyksiä.
Hallitus valitaan vuodeksi kerrallaan ja sama hallituksen jäsen voi toimia tehtävässään yhtäjaksoisesti enintään kolme vuotta. Puheenjohtajaksi voidaan valita sama henkilö yhtäjaksoisesti enintään kuudeksi vuodeksi. Hallituksessa on edustus jokaisesta Kalakukko-alueen kunnasta ja Kuopioon liittyneistä alueista (Juankoski, Kaavi, Karttula, Kuopio, Maaninka, Nilsiä, Rautavaara, Siilinjärvi, Tuusniemi, Vehmersalmi).
Hallitus vastaa hallinnosta ja taloudesta yhdistyksen varojen osalta. Muina tehtävinä ovat rahoitettavien hankkeiden valinta sekä tulosten seuranta hankkeista saatavien tietojen ja omien arviointien perusteella. Lisäksi hallituksen jäsenet tiedottavat toiminnasta omille sidosryhmilleen sekä ovat mahdollisuuksien mukaan mukana aktivoimassa toimijoita.
Hallituksen jäsenelle maksetaan kokouspalkkiona 80 € /kokous. Hallituksen puheenjohtajalle maksetaan 105 € /kokous sekä vuosipalkkiona 1200 € /v. Matkakulut korvataan valtion matkustussäännön mukaan.
